Useful pages

  • 💻 Unit Converter © 2021 Dong Fan, All Rights Reserved
    基于Javascript的常用单位换算,主要是能量单位,常见理论计算Code之间的单位换算。
  • 💻 VASP Tips © 2023 Dong Fan, All Rights Reserved
    基于多年经验整理的VASP计算过程各种经验。仅供参考。
  • 💻 ChatGPT学术摸鱼指南 © 2024 Dong Fan, All Rights Reserved
    常见的科学研究中的prompt模板。
  • Free online tutorials

  • 💻 mmmsim-Cloud © 2024 Dong Fan, All Rights Reserved
    提供独立云盘系统,每个注册账户默认分配5Gb云存储空间,可用于学术论文、计算代码、计算原始数据等文件的数据共享 (基于开源Cloudreve框架搭建)。
  • 💻 GitHubZenodo © 2024 Dong Fan, All Rights Reserved
    对于已发表的学术论文,计算/模拟相关的原始数据均默认托管在Github或者Zenodo数据共享平台。
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    以下是Linux基础以及软件编译/安装相关内容

  • 💻 鸟哥的Linux私房菜
    非CS科班出身入门必备。
  • 💻 快速理解并行 Makefile
    了解并行编译。了解Intel MPI和OpenMPI。
  • 💻 Building CP2K on a Cray XC40
    CP2K的离线编译应该是所有第一性原理计算code里面最具有挑战的,这个可以参考。
  • 💻 Installing VASP.6.X.X (officially)
    VASP官方编译指南。VASP5.3以后,编译非常简单,零难度。但务必测试编译后计算性能,尤其是AMD的CPU。

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    以下是DFT计算相关内容

  • 💻 https://agrh.github.io/ © 2019 Dong Fan, All Rights Reserved
    这个网站是我几年前整理的有关第一性原理计算的简单教程,新接触的研究生将这个网站的内全部自己动手做一遍就算入门了。但是由于电脑系统更新后源码丢失,重构太麻烦,所以这个网站不再维护。转载请注明出处。
  • 💻 微信公众号:计算凝聚态物理与化学 © 2018 Dong Fan, All Rights Reserved
    这个是以前读书时候写的内容,里面有一些关于VASP/QE/CP2K等相关的教程和一些技巧。转载请注明出处。
  • 💻 Guide-VASP VASP 官方手册。VASP6开始全部改为在线手册
  • 💻 Tutorial-VASP: surface science VASP 官方slide。比较早,仅供参考,里面计算参数不可用于生产任务。
  • 💻 Quantum ESPRESSO tutorial © 2023 QE foundation
    QE基金会每年都会组织专门的tutorial school,质量比较高,这个是最新的。
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    以下是MD计算相关内容

  • 📕 Understanding Molecular Simulation: From Algorithms to Applications
    MD部分没啥好推荐的,主要是必读的Frenkel和Smit写的这本书,2023年刚刚更新到第三版。如需pdf版本可以联系我。
  • 💻 https://lammpstutorials.github.io/ © 2023 Simon Gravelle
    这个网站是CNRS一个哥们写的简单入门教程,比较有用。
  • 💻 LigParGen © William L. Jorgensen Research Group
    Web-based service that provides force field (FF) parameters for organic molecules or ligands.这个工具主要支持生物体系,对Gromacs友好。结合fftoolPACKMOL程序可以实现OPLS-AA力场转换至Lammps。
  • 💻 PACMAN © Y.G. Chung Research Group
    基于机器学习的原子电荷预测方法,Paper。提供在线App,上传cif即可。实测预测的结果比较接近DFT计算结果,对于高通量计算以及超大体系的MOFs可以考虑。

  • Wiki (login)

  • 💻 DFT-tutorials © 2021 Dong Fan, All Rights Reserved
    整理的之前组内DFT计算相关的英文教程,包含:VASP, Quantum-Espresso, CP2K, Gaussian。
  • 💻 Tutorial: ORR&OER计算流程 © 2022 Dong Fan, All Rights Reserved
    基于CHE的常规电催化计算。
  • 💻 Codes: instert_mol.py © 2023 Dong Fan, All Rights Reserved
    实现给定MOF体系中随机插入小分子的高通量任务,用于后续DFT数据集准备。计算接口为VASP。
  • 💻 Codes: vpot.py © 2018 Dong Fan, All Rights Reserved
    VASP赝势文件自动产生程序(py2 and py3)。
  • 💻 Codes: strain-stress.py © 2018 Dong Fan, All Rights Reserved
    基于VASP的strin-stress计算。需重新编译对应版本VASP。

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